陰莖扭轉屬於先天性的，成因不明，有可能和基因變異有關。
陰莖的組織結構中，最外面是一層皮，皮下有一層肉筋膜(Dartos fascia)。皮和肉筋膜是連在一起的，但當兩者的附着發生錯亂，即生得不好的時候，就會被帶動出現扭轉。
若扭轉幅度少於20至30度，外觀上不太明顯，可以毋須處理。若扭幅多於45度，而病人又介懷的話，才要處理。
處理方法是動手術，需要全身麻醉進行。手術可分為兩部曲，先進行第一項手術。這手術比較簡單，可先行把陰莖的皮進行套狀撕脫，像香腸褪衣一樣，從近龜頭一端褪至陰莖根部，以露出內裏的組織。然後把陰莖扭轉至正常位置，再把皮縫合起來。
若陰莖從此回復正常位置，便大功告成。否則，可以進行第二項手術。第二項手術通常用於處理一些較嚴重的個案，其中一種方法是白膜與骨膜縫合固定術。由於陰莖是由恥骨位置伸出來的，因此手術會先把陰莖扭正，然後再用線，把陰莖根部的白膜(即包裹海綿體的一層膜)，釘合在旁邊的恥骨骨膜上，以固定位置。
另一個方法是把陰莖背部的一塊肉筋膜，縫合到陰莖腹部，把陰莖轉回正確位置。這樣，病人的陰莖扭轉情況便可得到改善。